为了探索我国主要烟区烟草青枯病鉴定苗圃中青枯拉尔斯顿菌的系统发育，采用进化分类框架下的序列变异分类方法，对从烟草植株和土壤样品中分离的100株青枯拉尔斯顿菌进行了系统发育分析。结果表明，所有菌株可分为四个分支，包括序列变异体15、17、34和54。其中，云南文山州高山病苗圃的菌株为序列变异体17和54，福建泰宁县的菌株为序列变异体34，福建、三明市和三元区的菌株为序列变异体15和34，广东和白云区的菌株为序列变异体15和17，广东和南雄市的菌株为序列变异体15、17和34，安徽的菌株，宣城市和宣州区是序列变异体34和54，贵州和福泉的菌株是序列变异体17，重庆和彭水的菌株是序列变异体17。本研究发现，同一病圃中存在多个序列变异，部分病圃同一地块中烟草品系的序列变异与土壤分离株的序列变异不一致。