目的探讨结核分枝杆菌感染及常规抗结核化疗期间肠道菌群的变化，为临床治疗结核病提供科学依据。方法从89份粪便标本中提取基因组DNA，采用宏基因组测序和生物信息学方法分析结核分枝杆菌感染和常规抗结核化疗期间肠道菌群的变化。结果结核分枝杆菌感染后，患者肠道菌群组成发生显著变化（P=0.4）。随着常规抗结核化疗的延长，香农指数下降，结核患者肠道菌群多样性显著下降（P=0.8）。肺结核患者治疗后的菌群结构组成与治疗前相比发生了显著变化（P=0.1）。在结核分枝杆菌感染和常规抗结核化疗过程中，类杆菌和韦永氏球菌的相对数量逐渐增加。抗结核化疗后，结核病患者肠道菌群的某些功能途径发生了改变。结论结核分枝杆菌感染和常规抗结核化疗可导致肠道菌群紊乱，影响肠道菌群的多样性、结构组成和代谢功能。