金桔是柑橘类果树，具有重要的经济和营养价值。为了筛选金桔和Fortunella　crassifolia叶绿体基因组金桔的最佳密码子，本研究分别以F.hindsii和F.crassifolia 叶绿体基因组 53编码基因序列（CDS）为研究对象，通过CodonW和CUSP软件，使用enc图、PR2plot和中性图，获得各编码基因密码子偏好的共同参数，分析了影响密码子偏好形成的主要因素，选择了最佳密码子。结果表明：（1）叶绿体基因组的基因序列富含a和T，密码子的第三碱基主要位于a或T末端，ENC值的第三碱基分别在39.79-59.37和39.79-58.90之间，均显著高于35，表明两种金桔的密码子使用偏好较弱。（2） 对ENC图、PR2plot图和中性图的分析表明，这两种金桔的形成受到自然选择和碱基突变等多种因素的影响，其中自然选择起主导作用。（3） 这两种金桔叶绿体基因组均含有29个高频密码子，其中RSCU值>1，其中28个以a或T结尾。通过高频密码子和高表达密码子分析相结合，筛选出7个常见的最佳密码子，分别为TTT、GGA、密码子、CTT、AGA、ACA和TAT。密码子的第三个基地以a或t结尾。两种金桔的偏好特征没有明显差异。自然选择是主要影响因素，最优密码子的类型和数目没有明显差异。推测两种金桔的生态适应进化机制相似。金桔叶绿体基因工程中设计了含有这些最佳密码子的外源基因，无需密码子优化即可直接在F.hindsii和F.crassifolia中高效表达。