生物网络比较是分析不同物种的重要手段。它可以揭示物种间的保守功能，为物种间的注释传递提供重要信息。网络对齐类似于子图同构，是一个NP难问题。提出了一种新的基于分治和积分策略的生物网络比较算法。首先对模块进行划分，根据已有的比较信息计算模块相似度。然后根据模块间节点的子比较得到候选结果集，最后通过超图匹配得到比较结果。利用现有比较信息的集合行为来预测模块之间的相似度，大大提高了模块匹配的效率。基于路径和节点的评分功能保证了模块中节点的相似性。对于不同网络之间节点的相似性，通过节点之间和节点之间的差异来判断相似性。与现有算法相比，该算法在生物索引和拓扑索引方面表现最好。