分析香菇子实体发育的不同阶段和不同组织（帽和茎），分析其差异表达基因、基因表达趋势、基因共表达网络和差异可变剪接事件。结果表明，碳水化合物的大量代谢相关基因在菌丝颜色转换阶段上调。此外，光受体等信号转导相关基因和黑色素合成相关基因也被上调，这可能与颜色转换过程有关。原基的形成可能涉及与环境因素感知、核糖体合成、蛋白质重塑、蛋白质降解和染色质修饰有关的基因。与DNA复制和蛋白质降解相关的基因可能在cap发育中发挥重要作用，而糖苷水解酶基因可能在伞开放中发挥作用。碳酸酐酶、几丁质酶、GH55家族蛋白和细胞色素P450编码基因可能在菌柄伸长过程中发挥作用。