高温胁迫是常见的非生物胁迫之一。极端高温条件会严重影响水稻的生长发育，最终导致产量下降。因此，利用控制水稻耐热性的基因选育耐热水稻新品种是解决高温危害的重要手段。为了探索控制水稻幼苗耐热性的基因资源，本研究选择了246份水稻种质资源。以高温胁迫下水稻苗期存活率为耐热性评价指标，结合SNP标记，选择全基因组关联分析，筛选候选基因。结果表明，在全基因组关联分析共鉴定出4个耐热表型相关位点，其中3个是新的耐热表型相关位点。结合基因组注释，在耐热表型相关位点范围内鉴定出21个候选基因，包括钙调蛋白、泛素偶联酶、AP2／EREBP转录因子、SUMO、E3连接酶细胞色素氧化酶、P450和MYB家族转录因子基因。本研究为水稻耐热基因座的挖掘和耐热基因的鉴定提供了科学依据。