政府间财政转移支付是中央政府与地方政府之间进行再分配的一种方式。它是中国分税制金融体系的重要组成部分。在财政转移支付资金不断增加的背景下，公共财政转移支付资金的使用效率和效果已成为当前审计工作的重点内容之一。在阐述效益审计基本概念的基础上，从构建完善的公共财政转移支付审计评价体系、明确公共财政转移支付效益审计的内容、创新审计技术和方法、提高审计效率等方面，分析了公共财政转移支付效益审计面临的现实困难，并加强专业审计队伍建设，从效益审计的角度对公共财政转移支付审计的有序发展提出建议。