为了了解田健株根际土壤中细菌和真菌群落的变化规律，以及连作条件下根腐病易感的烟草植株，采用高通量测序技术以2年以上的废弃土壤为对照（CK），比较和分析了田健株（HT2、HT4、HT8）和根腐病感病（ST2、ST4、ST8）根际多样性和土壤环境因子对微生物群落结构的影响。结果表明，田健株和连作烟草病根际土壤中细菌优势菌群的相对丰度分别增加了9.2%~29.5%和26.4%~29.8%，真菌优势菌群的相对丰度分别减少了53.4%~65.7%和19.0%~67.8%，弗拉托氏（Frateuria）和芽殖细菌（Gemmata）增加最多，除HT2样本病原菌、镰刀菌属（Fusarium）和伊拉钦外，相对丰度的主要真菌区系在青霉菌（Penicillium）减少最多。除此之外，健康菌株（HT4号和HT8）和患病菌株（ST2、ST4和ST8）中镰刀菌病原体的相对丰度显著增加（123.4%~576.8%）。总的来说，根际细菌群落的丰富性和多样性随着烟株移栽年限的增加，病株数量增加，真菌群落的丰富度和多样性随着连作年限的延长先降低后增加。不同连作年限和病株样品根际土壤细菌和真菌群落组成差异较大。土壤速效钾含量和土壤速效磷含量是影响土壤细菌群落分布的核心化学因子，贡献值分别为8.80%和8.62%。土壤有效磷含量是影响真菌群落分布的核心化学因子，贡献值为11.64%。综上所述，烤烟连作和根腐病烟草根际土壤细菌群落丰富度、多样性和优势菌群丰富度增加，但真菌优势菌群和真菌有益菌丰富度降低，病原菌增加。在生产实践中，减少连作年限，及时清除病残体是解决烟田污染问题的关键。