采用DEA-Malmquist方法对长三角城市群2012-2018年的绿色创新绩效进行了测量，并利用Tobit回归分析法分析了影响研究区域绿色创新绩效的因素。实证结果表明：（1）长三角城市群的绿色创新绩效参差不齐，差距明显。绿色创新绩效总体上有所提高，即新的知识和技术促进了绿色经济的发展，但效果并不明显。对全要素增长率的贡献主要来自技术进步水平的提高，这表明技术进步仍然是提高区域绿色创新绩效的主要手段。从2012年至2018年绿色创新绩效的动态发展，进一步证实了提高技术进步的重要性。在城市发展过程中，在现有资源禀赋下，追求技术进步与技术利用之间的协调性不好。（2） 城市群城市间绿色创新绩效的空间分异明显，总体上是东高西低。高绩效城市在空间上形成一定的集聚，呈现出“Z”型的空间分布特征。江苏省绿色创新绩效水平整体表现较为突出，安徽省大部分城市表现较差。（3） 产业结构对绿色创新绩效有显著影响。促进产业结构优化升级是提高区域绿色创新绩效的重要途径。提高区域间信息的可访问性可以提高创新绩效水平。